Nacido en Nepomuk, Bohemia, a mediados del siglo XIV, Juan fue un sacerdote culto y humilde que, a pesar de su renuencia a los honores, llegó a ser Vicario General del Arzobispo de Praga gracias a su brillantez como predicador y experto en Derecho Canónico. Su vida estuvo marcada por la integridad y la firmeza ante el poder, características que lo llevaron al martirio bajo el reinado de Wenceslao IV, un monarca caprichoso y conflictivo.

Existen dos narraciones principales sobre la causa de su muerte, aunque ambas convergen en su trágico final. La versión histórica o institucional señala que Juan se opuso a las ambiciones del rey de apoderarse del monasterio de Kladruby para convertirlo en una sede episcopal controlada por la corona. Juan defendió la libertad eclesiástica confirmando la elección canónica de un nuevo abad, lo que desató la furia del monarca. Fue arrestado, torturado y, al no ceder, arrojado encadenado al río Moldava la noche del 20 de marzo de 1393.

La segunda versión, surgida décadas más tarde y que le valió el título de mártir del secreto de confesión, relata que el rey Wenceslao, carcomido por los celos infundados hacia su esposa, la reina Juana, exigió a Juan que le revelara los pecados confesados por ella. Ante la negativa absoluta del sacerdote a violar el sigilo sacramental, el rey ordenó su ejecución. Sea cual sea el motivo histórico exacto, su cuerpo fue hallado en la orilla del río rodeado de una luz misteriosa, y hoy una cruz en el puente de Praga recuerda el sacrificio de quien prefirió morir antes que traicionar su conciencia y sus deberes sagrados.